Türkiye'de yetişen farklı kekik türlerinin antimikrobiyal aktivitelerinin ve moleküler genotiplerinin belirlenmesi

Abstract

Bu çalışmada, Labiatae familyasının üyeleri olan ve Türkiye'de kekik adıyla bilinen Thymbra, Thymus ve Origanum cinslerine ait Thymbra spicata var. spicata L., Thymus vulgaris L., Thymus citriodorus (Schreb), Thymus cilicicus Boiss. & Bal., Origanum syriacum L., Origanum minutiflorum O. Schwarz & P.H. Davis, Origanum onites L., Origanum saccatum P.H. Davis, Origanum vulgare L. ssp. gracile (C. Koch) Letswaart, Origanum vulgare L. ssp. hirtum (Link) Letswaart ve Kekik Çeşit adayı (Tekin, 2017) türlerinin antimikrobiyal aktiviteleri ve genotipik özelliklerinin belirlenmesi hedeflendi. Soxhlet cihazıyla her bitkiden 3 farklı çözücü (hekzan, etanol ve kloroform) ile 24 saat süren ekstraksiyon işlemi sonucunda toplam 33 adet özüt elde edildi. Özütlerin Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas auriginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 29213, Enterococcus faecalis ATCC 29212 bakterilerine karşı antimikrobiyal etkinliği disk difüzyon metodu kullanılarak belirlendi. Farklı kekik türlerinden üç farklı çözücü ile elde edilen özütler üç farklı konsantrasyonda dört farklı bakteri üzerine uygulandığında en yüksek düzeyde antimikrobiyal etkinin S. aureus bakterisinde gözlendiği, ikinci sırada ise E. facealis bakterisinde gözlendiği belirlendi. Çözücü olarak kullanılan etanol ve kloroform ile elde edilen özütlerde antimikrobiyal etkili maddelerin hekzana göre daha etkili olarak elde edildiği tespit edildi. ANOVA sonuçlarında sigma değerine göre antimikrobiyal aktivitelerinde etkinlik düzeyleri Thymbra spicata var. spicata L., Thymus vulgaris L., Thymus citriodorus (Schreb), Thymus cilicicus Boiss. & Bal., Origanum syriacum L., Origanum vulgare L. ssp. hirtum (Link) Letswaart ve Kekik Çeşit adayı (Tekin, 2017) türlerinde anlamlı bulunurken Origanum minutiflorum O. Schwarz & P.H. Davis,, Origanum onites L., Origanum saccatum P.H. Davis, Origanum vulgare L. ssp. gracile (C. Koch) Letswaart, türlerinde ise anlamlı olmadığı tespit edildi. Kekik türlerinin moleküler genotipleri 10 ISSR primeri ile karakterize edildi. Elde edilen özütlerin üç farklı konsantrasyonda dört farklı bakteri üzerindeki antimikrobiyal etkileri ile ISSR lokusları arasında Pearson korelasyon sonuçları oldukça güçlü pozitif korelasyonlar olduğunu gösterdi. ISSR işaretleyicileri dominant kalıtım göstermelerinden dolayı bu sonuçlar ileride yapılacak çalışmalar için ön çalışma niteliğinde olup kodominant işaretleyiciler kullanılarak daha ileri düzeyde çalışmaların yapılması konusunda da teşvik edici nitelik göstermektedir. Ek olarak ISSR işaretleyicileri bu çalışmada analiz edilen kekik türlerini genel olarak cinslerine göre kümeleme konusunda da başarılı olmuştur. Sonuç olarak farklı kekik türlerinin anitmikrobiyal aktiviteleri bakımında oldukça etkili oldukları gözlendi.

In this study, it was aimed to determine the antimicrobial activities and genotypic characterization of the species Thymbra spicata var. spicata L., Thymus vulgaris L., Thymus citriodorus (Schreb), Thymus cilicicus Boiss. & Bal., Origanum syriacum L., Origanum minutiflorum O. Schwarz & P.H. Davis, Origanum onites L., Origanum saccatum P.H. Davis, Origanum vulgare L. ssp. gracile (C. Koch) Letswaart, Origanum vulgare L. ssp. hirtum (Link) Letswaart ve Thyme variety candidate (Tekin, 2017) who are blong to the genera Thymbra, Thymus and Origanum respectively in the Labiatae family in Turkey. A total of 33 extracts were obtained as a result of the 24-hour extraction process with 3 different solvents (hexane, ethanol and chloroform) from each plant using the Soxhlet device. The antimicrobial activity of the extracts against to Eshericia coli ATCC 25922, Pseudomonas auriginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 29213, Enterococcus faecalis ATCC 29212 bacteria was determined using the disk diffusion method. When extracts obtained from different thyme species with three different solvents were applied on four different bacteria at three different concentrations, it was determined that the highest antimicrobial effect was observed in S. aureus bacteria, and in the second place was observed in E. facealis bacteria. It was found that antimicrobial active substances were obtained more effectively than hexane in extracts obtained with ethanol and chloroform used as solvents. Effectiveness levels in antimicrobial activities according to sigma value in ANOVA results indicated that the antimicrobial activities were significant in the species Thymbra spicata var. spicata L., Thymus vulgaris L., Thymus citriodorus (Schreb), Thymus cilicicus Boiss. & Bal., Origanum syriacum L., Origanum vulgare L. subsp. hirtum (Link) Letswaart ve Tyme Variety candidate (Tekin, 2017), while the antimicrobial activities were not significant in the species Origanum minutiflorum O. Schwarz & P.H. Davis, Origanum onites L., Origanum saccatum P. H. Davis ve Origanum vulgare L. ssp. gracile (C. Koch) Letswaart. Molecular genotypes of thyme species were characterized by using 10 ISSR primers. The Pearson's correlation results between the antimicrobial effects of the extracts on four different bacteria at three different concentrations and the ISSR loci showed very strong positive correlations. Since ISSR markers show dominant inheritance, these results are preliminary studies for future studies and also encourage further studies using more effective codominant markers. In addition, ISSR markers were successful in clustering the thyme species analyzed in this study according to their genus in general. As a result, it was observed that different thyme species are highly effective in maintaining their anti-microbial activities.